微生物实验室应划分独立的洁净区与活菌操作区，配备有相应的阳性菌实验室、培养室、结果观察区、前处理室、样品接收储藏室、标准菌储藏室、污染物处理与文档处理区等，并标有明确的标识。

微生物实验室的各项工作在专属的区域进行，防止交叉污染，以及假阳性与假阴性结果出现。

微生物限度室是用来检查非规定灭菌制剂及其原料、辅料受微生物污染程度的场所。微生物检查指物品中允许含规定合格范围内的活的微生物。《中国药典》2010版附录规定微生物检查应在环境洁净度10000级以下，局部洁净度100级的单向层流空气区域内进行。 
大型设备：低温冰箱、超净工作台、液氮罐，培养箱、干燥箱、恒温水浴锅、烘箱、生物安全柜，纯水机、离心机等。小型设备：天平、显微镜、分光光度计、酸度计、电导仪和浊度仪、折光仪、杂质度过滤机等。其他：玻璃器皿、试剂（营养琼脂、牛肉膏蛋白胨、氯化钠、氢氧化钠）等。  

无菌检查室的环境条件 
无菌检查室是用来检查注射剂、用于无菌制剂中的原料、辅料的检验场所。以无菌保证水平（SAL）表述。因此，无菌室的环境十分关键，对样品的检测结果的准确性干扰很大。《中国药典》2010版附录规定无菌检查室的洁净度要求，局部100级的单向层流空气区域内，背景环境洁净度10，000级。 
设备：超净工作台、集菌仪

微生物实验室管理 
1、环境监测 
应定期对微生物实验室的环境进行监测，以确保环境处于受控状态，包括沉降菌、浮游菌、尘埃粒子、设备表面监测、高效过滤器检漏，请参照相应的国家标准，设定适宜的监测频率进行环境监测。 
2、清洁消毒 
微生物实验室中无菌区域应尽量减少阴阳角，便于无菌室日常的擦拭消毒，无菌区所用的洁具应经灭菌处理，所用的水消毒剂应经除菌过滤，有菌区和无菌区的洁具不能共用，应在洁具颜色上加以区分。